搾乳した牛乳を、加熱殺菌後にパック詰めし、大学独自ブランドである「宮崎大学Milk」として販売するための加工施設が整備されています。
搾られた牛乳は、牛乳運搬車により乳加工室に運ばれパック詰めされますが、余剰の牛乳はJAの集乳車が来て回収し、一般農家と同様の経路で流通します。
乳加工室にはストレージタンク、熱交換器、パッキングマシンを中心とする乳加工システム（最大500パック/時間）が備えられており、牛乳は75度15秒で加熱殺菌した後、パック詰めされ冷蔵庫に保管されます。


保存用の大型冷蔵冷凍庫が2部屋と、牛乳を取りに来るお客様用のショーケース型大型冷蔵庫2台、大学開放などのイベント時に使用するショーケース型冷蔵庫1台があります。
また、乳検査室には、流し、コンロ、冷蔵庫、冷凍庫など基礎的な設備のほか、比重計等の乳汁検査用機器や、培地作成用器材、オートクレーブ、クリーンベンチ、顕微鏡、蒸留水精製装置など、各種細菌検査用機器類が整備されています。また、アイスクリーム製造用の機械や、バターを作るためのクリームセパレーター、チーズを作るための厨房器具等、乳加工に必要な器具類が一通り整備されています。